两晋南北朝时期的医家，多以医方之搜集整理和实际验证而著名。在医学理论的探求上，却有忽视的倾向，但他们长期实践的宝贵经验，为隋代医家整理研究工作提供了可贵的资料。公元六、七世纪间，我国医药学的发展取得了显著的进步。例如：医疗方剂的蒐集整理，完成了史无前例的《四海类聚方》，达二千六百卷之巨；《内经》的研究，开创了注释整理的新途径；隋太医署之设立，是我国医学史上，也是世界医学史上最早的初具规模的医科学校；国内外的医学交流和翻译外来医学著作，也日益繁荣起来。在这样的条件下，在前人积累了大量资料的基础上，巢元方与同道共同编撰了一部《诸病源候论》，五十卷，成为我国历史上内容最为丰富的探讨病因病机的一部专著，在人们认识疾病的长河中，在我国医学发展史上，对医学理论的进步，做出了出色的贡献，是继《内经》理论之后的一个新的创举。列宁说：“判断历史的功绩，不是根据历史活动家没有提供现代所要求的东西，而是根据他们比他们的前辈提供了新的东西”。《诸病源候论》，正是巢元方等利用前人的知识积累和成就，研究医学理论问题写成的，比他们的前辈提供了许多新的东西。认真发掘和整理他们的学术成就，古为今用，将有利于开展中西医结合，创造我国新医药学的伟大事业。
一、突破前人的病因学说
巢元方等在病因学说方面，有不少创造性见解，对有些疾病，甚至突破前人的定论，发现和描写了真正的病原体。
（一）确认疥疮等病的病原体：隋以前，医家对疥疮的病因，多认为是皮肤受风，邪热所致的关系，尚不能离开风、寒、暑、湿、燥、火等一套传统的学说。巢元方等通过临床上的认真观察，在前人基础上确认疥疮是因为疥虫引起的。他们指出：“疥者，有数种。……并皆有虫。人往往以针头挑得，状如水内瘑虫”（见《诸病源候论》卷三十五，《疥候》。以下凡引该书者，只注卷数和篇名）。强调：“疥疮多生手足指间，染渐生至于身体，……其疮里有细虫，甚难见，小儿多因乳养之人病疥，而染着小儿也”（卷五十《疥候》）。同时，他在叙述羌虫病时提到：“熟看见处，以竹簪挑拂去之，己深者，用针挑取虫子，正如疥虫，著爪上，映光易见行动也。挑不得，灸上三七壮，则虫死病除”（卷二十五《沙虱候》）。他们的这些描述，比欧洲Linne氏在公元年关于疥虫的报告，要早一千多年。由此可见，巢氏等关于疥疮病原体、传染性、好发部位、不同类型的临床表现特点和进行诊断的要点，都有了比较正确的认识，可知其观察是如何的仔细了。
此外，他们还描述了十余种由于“甚细微，难见”的虫所引致的疾病，并将这些疾病的治愈标准，与该虫之能否被消灭，直接地联系起来考虑，正如他们所强调：“至其病成，皆有虫侵食，转深连滞不瘥”，“虫死病除”等。当然，其中可能有相当一部分是推断出来的，未必尽皆事实。但其将发现病原体，作为诊断之依据，把消灭病原体，作为治愈的标准，用既知病原体的知识，推断未能确知的病因，无疑把我国医学的发展向前推进了一步。
（二)对流行性传染病病因的新见解：隋代以前，关于流行性传染病的记载，绝大部分都概括在伤寒、温病和时行病中。对于病因，则多以气候之突然变异为论据。如伤寒，强调冬时触冒于寒并为其所伤者；如温病，多认为是冬时冒寒，寒毒藏于肌骨，至春而发病者；时行病的病因，多归之为春时应暖而反寒……病无长少，率相似者。这种强调气温突变等因素，是造成传染病流行的病因，无疑比之鬼神致病是一个划时代的进步。但是，只以六淫之邪，是难以解释为什么同样的寒毒，有的会造成“转相染易，乃至灭门，延及外人。”而有的则并不流行。为了解答这一问题，《诸病源候论》的作者进行了仔细的观察研究。他们在前人的基础上，除了承认上述病因学说外，并创造性地提出：“伤寒之病，……人感其乖戾之气，而发病者，此则多相染易。故须预服药及为方法以防之”（卷八《伤寒令不相染易候》），“夫时气病者……人感乖戾之气而生病者，多相染易。故预服药及为方法以防之”（卷九《时气令不相染易候》）。“此病（温病）……人感乖戾之气而生病，则病气转相染易，乃至灭门，延及外人，故须预服药，及为法术以防之（卷十《温病令不相染易候》）。这种阐述，说明巢氏等虽然还将传统的学说置于主导地位，但他们已不满足这种说法了，而且用自己的实际行动，提出了宇宙间另有一种“乖戾之气”的物质，是造成传染病流行的病因，这种论述，无疑使传染病的病因学说，在寻求真正病原体的大道上，向前迈进了一大步。他所提出的预防传染病的观点，在我国人民同疾病作斗争的历程中有着积极的影响。
（三）有关感染绦虫病的确切论断：人体寄生虫，虽早已有很多描述，但对如何发病，则缺乏确切的认识。巢氏等正确地提出，人之所以患绦虫病，乃是由于：“以桑树枝贯串牛肉炙，并食生栗所作；或云食生鱼后，即食乳酪，亦令生之”（卷五十《寸白虫候》）。初看上去，他的这一论述，似乎还不十分肯定，因为他还同时提到了生栗、乳酪等。但是，他们能依据自己的观察，将绦虫的发病原因，与吃了半生不熟的牛肉或生鱼联系起来，可见他们的洞察力是如何的锐敏。
（四）探讨男女无子的原因：巢元方等人虽然没有否定封建社会对此问题的谬论，但他们已经正确地指出男女无子的原因，不单是女子的问题，男子疾病也与无子有着密切的关系。他们说：“妇人无子者，其事有三也。……”（卷三十八《无子候》)。对女子无子作了比较确切的论述。并强调了“丈夫无子者，其精清如水，冷如冰铁，皆为无子之候；又泄精，精不射出，但聚于阴头，亦无子”（卷三《虚劳无子候》）。他的这些论述，对造成无子是有关男女双方的因素，有了正确的认识。
（五）揭示酒皶鼻的病因：巢氏等指出：“此（酒皶鼻）由饮酒，热势冲面，而遇风冷之气相搏所生，故令鼻、面生皶，赤皰币币然也”（卷二十七《酒皶候》）。现代医学的一个重要的学说，认为酒皶鼻的发病，是由于嗜酒的刺激，温度的骤变，引致血管舒缩神经反射性病变造成的。这与巢氏等人的主张，其实质是一致的。当然，现代医学对酒皶鼻病因的认识，更为深入具体，且探明了更多的发病因素。
二、对症候与发病特点的正确描述
（一）对过敏性疾病与晕动病的认识：关于过敏性疾病，巢氏等出色地叙述了“漆疮”的典型症状，并且正确地指出：人们体质对漆是否过敏，是发病与否的关键。他说：“漆有毒，人有禀性畏漆，但见漆便中其毒。喜面痒，然后胸、臂、?、腨皆悉瘙痒，面为起肿，绕眼微赤。诸所痒处，以手搔之，随手辇展，起赤??。??消已，生细粟疮甚微。有中毒轻者，证候如此。其有重者，遍身作疮。小者如麻豆，大者如枣杏，脓焮疼痛，摘破小定，或小瘥，随次更生。若火烧漆，其毒气则厉，著人急重。亦有性自耐者，终日烧煮，竟不为害也。”又说：“人无问男女大小，有禀性不耐漆者，见漆及新漆器，便著漆毒”（卷三十五、卷五十《漆疮候》）。由此可见，巢氏等已正确说明：接触性皮炎的发病，与个体反应性的关系，并对其症状表现有了较全面的认识。
关于晕动病，他描述了晕车、晕船的疾病。同时，也说明这一疾病，也是由于个人体质的关系。他说：“无问男子女人，乘车船则心闷乱，头痛吐逆，谓之注车注船，特由质性自然，非关宿挟病也”（卷四十《嬖子小儿注车船候》）。
（二）对地区性疾病的认识：巢氏等所记载的“射工”与“水毒”，虽还不能肯定为血吸虫病，因此，也不能说他对该病已有正确的认识。但是，分析一下“射工”与“水毒”所描述的主要内容，我认为这主要是反映了巢元方等对血吸虫病的认识水平。以下分病名、发病地区等六方面加以讨论：1.病名：《诸病源候论》记载有水毒病，一名中水，一名中溪，一名水中病，亦名溪温。这些病名都寓有因接触溪流而引致传染病的意思。如说：“以其病与射工诊候相似，通呼溪病。”2.发病地区：巢氏等在叙述这种病的发病地区时指出，“自三吴（按：三吴为古地区名，所指也因时代不同而有异，此处指今之江苏省境内长江以南与浙江省同江苏毗邻地区）已东，及南诸山郡山县。”巢氏等所指的三吴正是血吸虫病流行比较严重的地区。3.发病季节：巢氏等叙述引起该病的毒虫时明确指出其“冬月蛰在土内”，“夏月在水内”，“春秋辄得”，这也正与现代所描述的血吸虫病发病季节大体一致。4.传染途径:巢氏指出，毒虫“夏月在水内，人行水上，及以水洗浴，或因大雨潦时，仍逐水便流入人家，或遇道上牛马等迹内即停住，其含沙射人影便病”（按：含沙射影使人病之说当然是不确切的）。我们若将这段文字记载，与关于病名的含意结合起来考虑，就可知《诸病源候论》的作者们已在一定程度上了解到该病的传染途径，并与现代的认识大体一致。5.发病经过与临床症状：《诸病源候论》在叙述水毒、溪温、射工等病时分别强调指出，“初始证候，先寒热恶冷”，“头微痛目匡疼，心内烦懊”，“腹痛”，“洞利及齿间出血”，“不食而狂语”，“清朝小苏，晡夕则剧”的特点等,也与现代所描述的急性血吸虫病症状基本一致。6.诊断：一般根据上述，作出血吸虫病的诊断并不困难。巢氏等还记载了其它几种方法。如“作数斗汤，以蒜四、五升捣碎，投汤内消息视之，莫令大热，绞去滓，适寒温以自浴，若身体发赤斑文者，是也”。这对早期感染之病人，更有一定的诊断价值。尽管巢氏等在这里没有论及慢性血吸虫病的症候，但是，我们根据上述理由，可以认为早在一千几百年前他们对血吸虫病已有一定的认识。
其次，如对南方多见的羌虫病（沙虱候）；江东、岭南（今江苏、浙江、广东一带）的脚气病；山区常见的甲状腺肿大病等，除了对其地区性已有了正确的认识外，对症状、发病特点、诊断等，也有了比较正确的记载。
（三）对泌尿系结石的认识：他初步认识到小便淋漓而出石的疾病，与肾脏之虚损受邪，水结而化为石有关。并且轮廓地描绘出泌尿系各脏器间的生理解剖关系，尽管这一印象，未必是有实际依据，但其由临床感性认识所总结出来的这一理论，基本上是正确的，也比前一代高明了。他说：“石淋者，淋而出石也。肾主水，水结则化为石，故肾客沙石。肾虚为热所乘，热则成淋。其病之状，小便则茎里痛，尿不能卒出，痛引少腹，膀胱里急，沙石从小便道出，甚者塞痛令闷绝”（卷十四《石淋候》）。“淋而出石，……细者如麻如豆，大者亦有结如皂荚核状者，发则燥痛闷绝，石出乃歇”（卷四十《石淋候》）。这些生动逼真的描述，有利于在临床上做出正确的诊断。
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